ligtover #hg38 #hg19 #GRCh37 #GRCh381 R에서 liftover 시행하기. R에서 liftOver 시행하는 방법입니다. 다른 파일들을 liftOver로 변경하는 방법은 인터넷에 좀 나와있는데 GWAS summary statistics를 liftOver로 변경하는 방법은 없길래 기록 남깁니다. eQTL catalog 홈페이지에서 발견하였습니다. 우선 GenomicRanges, rtracklayer 패키지가 있어야 합니다. 우선 summary statistics를 불러옵니다. 예를 들어 저는 Pattaro et al.의 Nature communications에 출판된, eGFR과 관련된 summary statistics를 불러올 겁니다. # 불러옵니다. fread("~/driveD/R_projects/CKD_AD/0_GWAS_summary/pattaro_h.tsv.gz") -> e.. 2023. 4. 25. 이전 1 다음