ANNOVAR1 Kchip의 AX-ID -> RS-ID로 변경 SNP의 명명은 어떤 회사의 chip을 사용했는지에 따라 다릅니다. Kchip은 axiom 사로 알고 있고, 그래서 SNP의 ID가 "AX-" 로 시작되게 됩니다. 이것을 일반적으로 dbSNP에서 사용하는 rsID로 변경해야 합니다. 보통은 chip 홈페이지에 들어가면, 관련된 csv 파일등이 있는데 Kchip은 아무리 뒤져도 나오지 않아 고생을 했습니다. 홈페이지 보고 메일을 보내도 답장도 없구요 ^^ 우리는 ANNOVAR를 이용할 겁니다. ANNOVAR에 대해서는 구글 검색해서 찾아보시면 되고 대부분 gene, SNP 등을 annotation 할 때 가장 많이 사용합니다. 사용하기 전에 개발자에게 사용하고 싶다고 등록을 하면 금방 답이 오고 다운받으실 수 있습니다. 굉장히 좋은 툴이니 꼭 받아둡시다.. 2023. 4. 25. 이전 1 다음