bulk-RNA seq 관련1 clusterProfiler를 이용한 pathway enrichment analysis (GSEA) bulk RNA seq 분석 후 얻어진 정보 등을 이용하여 pathway analysis 중 하나인 gene set enrichment anaylysis를 해보려고 합니다. pathway enrichment analysis라고도 하고, pathway analysis라고도 하고, gene set enrichment analysis라고도 하고... 여러 이름으로 불리는데, 결국 target으로 하는 gene set이 curation되어있는 pathway에 얼마나 해당되어 있는지를 보는 분석입니다 크게 3가지가 있고 (1) over-representation test 어떤 pathway가 55가지의 gene으로 구성되었을 때, 내가 찾은 gene set이 몇개 속해 있느냐 (2) functional class.. 2023. 10. 20. 이전 1 다음